Het bestuur van de Verenigde Scholen J.A. Alberdingk Thijm Voortgezet Onderwijs wordt gevormd door twee personen. Dit bestuur vormt het bevoegd gezag van de scholen. Het toezicht op het bestuur wordt gehouden door het bestuur van de Stichting "Verenigde Scholen J.A. Alberdingk Thijm". Het bestuur van de Verenigde Scholen J.A. Alberdingk Thijm Voortgezet Onderwijs bestaat uit:

Mr drs. Th.W.C. Brok (voorzitter)
Drs. A. van der Wiel

Het toezicht op het bestuur wordt gehouden door een externe toezichthouder, de stichting Verenigde Scholen J.A. Alberdingk Thijm. Het bestuur van deze toezichthouder bestaat uit:

Drs. J.C.M. de la Parra (voorzitter)

Dr. G. Linthorst (vice-voorzitter)

Drs. A.M. Gijsen 

A. Blommers-Biezeno

Drs. E.J. Hennis

Drs. A.W.J. Griffioen

Het besturingscentrum van de Verenigde Scholen J.A. Alberdingk Thijm vormt een belangrijke pijler onder de organisatie. Het centrum ondersteunt het bestuur bij het voorbereiden, implementeren en toetsen van het beleid. Daarnaast geeft het besturingscentrum facilitaire ondersteuning aan de scholen op het gebied van logistiek, control en boekhouding. Op het gebied van personeel, juridische zaken en automatisering ondersteunt het besturingscentrum de schoolleiding. Het besturingscentrum is gevestigd aan de Emmastraat 58 te Hilversum.